军团副本是由军团队伍去攻打的副本，副本中全是经过精心设计的Boss，具有特别的攻击方式和攻击技能，具有一定实力的军团boss。其难度相对于普通副本来说有所提高，趣味性也随之提高，是对游戏PVE部分的一个有利的补充。
规则总结如下：
军团副本和普通副本一样，24小时都可进行攻打；
重置副本：每天重置一次；
必须是军团队伍才能进行攻打；
每个军团每天能征战军团副本的次数不做限制
NPC不可强攻，每天每个玩家同一个NPC只能击败一次;
军团队伍每打一个军团副本的一个npc部队消耗1个军团军令，
军团队伍在征战军团副本时正常损失兵力；
军团副本不能进行鼓舞；
军团副本中，玩家可以使用军团兵器；
每个军团的每支玩家队伍最少需要一名武将上阵
每个军团最多可上阵5个军团队伍25名武将