辐射避难所辐射第二部的番外故事，在游戏中玩家已经知道上一代的故事了，那么现在就是介绍关于辐射2的故事了，其实辐射的游戏框架很大，玩家玩的时候也非常的被游戏里面的各种情节所吸引，毕竟作为生存类游戏的大成之作，没有灵魂的故事肯定不行。
位于北加州。2063年8月动工，2069年3月完成。设计容纳人数1000人，计划封闭时间10年。实际上由于英克雷的避难所实验计划，这里与世隔绝长达近100年。事实上，英克雷曾计划把这里封闭200年，以研究长期孤独对人类的影响。
13号避难所初始预算4000亿美元，最终造价为6450亿美元。它配备了思考式超级电脑，主能源来自地热，备份能源是通用原子能核动力系统。避难所拥有完整的建筑设施，包括无土农场、地下河净水设备、可装备10人的防卫型武器，以及在封闭期间使用的沟通、社交和娱乐媒介。另外，13号避难所多配置了1个G.E.C.K，却没有备份的净水芯片。
2161年12月5日，由于唯一的净水芯片损坏，Overseer将放逐者【辐射1主角】踢出避难所，命令他去寻找芯片，这个任务必须在2162年5月10日前完成。Overseer给放逐者标明了15号避难所的位置，并为他的冒险提供了一把枪和几粒子弹。
放逐者最终战胜了变种人的威胁，完成了任务，却被避难所告知“你是个英雄，但你还是要离开。”他和一些追随者离开避难所，走向漫漫荒原，并于2167年8月在加州北部建立了一个叫做Arroyo的小村庄。
2188年10月，放逐者有了一个女儿。2208年1月16日，在完成了对旅程的回忆后，放逐者消失了，从此再也没有出现。这给Arroyo部落留下了神秘的传说。在他们的后辈中，13号避难所被称作“HOLY 13”，包括放逐者留下的避难所制服与手枪都成为了神迹。2210年1月，放逐者的女儿成为Arroyo部落长老。
2241年7月25日，为了拯救村庄，获选者【辐射2主角】进入神殿开始试炼，并于7月27日通过试炼，穿上放逐者的制服离开村庄，前往13号避难所寻找G.E.C.K【这一任务必须在2254年前(13年内)完成】。
2242年5月15日，英克雷侵入13号避难所，激活它的中央电脑并宣布已经到了离开避难所的时候。当时的Overseer Martin Frobisher把避难所居民集合起来准备离开。5月16日，避难所大门开启，得到了英克雷士兵机枪弹雨的“欢迎”，这就是辐射2片头的那一幕【事后的调查显示是：一名士兵因“过度紧张”扣动了扳机】。总之，英克雷士兵杀死了3名“拒捕”的居民，并把所有人都带到了美国政府秘密所在地海神式导弹油井。根据对13号避难所记录的研究，英克雷制订了提前结束战争的计划。
2242年5月17日，英克雷将一队死亡爪放入13号避难所中以杀死所有调查那个避难所的人，借以隐藏Enclave来过避难所的事实。其它死亡爪被派到13号避难所周围的沙漠中以确保没有任何生还者或证人。出人意料的是，这些死亡爪具备的高度智慧让他们作出了不同的选择：他们以包容的心态允许许多人在避难所中和他们共同生活。大约1个月之后，Enclave首席战斗兵器Frank Horrigan【法兰克•荷瑞根】带队重返避难所，杀死了所有的死亡爪，只剩下离开避难所与获选者共同游历废土的Goris【革力士】。目睹惨景后，Goris发誓要为族人复仇。
2242年秋，获选者从三藩市乘坐油轮潜入秘密油井，救出了部落村民、避难所幸存者，杀死美国总统并引发核爆，辐射2结束。13号避难所的幸存者与Arroyo村民共同新建了村落，获选者成为了长老。